Northern blotting 試劑盒(含地高辛探針)
一、試劑盒組成:
(1) 地高辛標記的目的探針 25T
(2) 樣品預處理液
(3) 甲醛變性電泳上樣緩沖液
(4) 10XMOPS溶液、洗滌膠溶液、RNA水解液
(5) 轉膜液
(6) 雜交液
(7) 洗滌液I、洗滌液II
(8) NBT/BCIP顯色底物
(9) NBT/BCIP顯色緩沖液
試劑盒:25T
保存:2-8℃
貨號:R2550
二、核酸樣本準備與電泳:
Northern blotting是檢測單一基因RNA表達變化首選方法,核酸電泳是變性條件下進行以除RNA二級結構。本試劑盒主要通過甲醛變性。然后將RNA轉移到帶正電荷的尼龍膜,再與地高辛探針雜交。
三、探針的獲得:
Northern探針可以用PCR標記,隨機引物標記,T7/SP6轉錄特異性RNA標記,末端轉移酶法,DIG寡核苷酸末端標記,缺口翻譯進行DIG標記,cDNA合成,外顯子生物均可提供上述地高辛探針標記(約2000元,至少滿足20次)。使用探針濃度約10-15ng/ml,探針長度變大,導致使用量變大。本試劑盒提供的探針是客戶定制的地高辛標記RNA探針。
四、結果顯色說明:
可以采用堿性磷酸酶底物NBT和BCIP,抗-地高辛過氧化物酶與NBT/BCIP反應。用于X底片顯色。也可以選擇其他顯色方法。
五、實驗操作步驟:
(1)RNA電泳樣品準備:為防止RNA降解,請在冰上操作,10-20ug(2-4ul)的RNA與樣品預處理液1:8體積混合,加熱85℃10分鐘,加入2ul甲醛變性電泳上樣緩沖液混合,冰上待用。
(2)配膠:1.5%的瓊脂糖可以分離0.5kb-1.5kb左右片段。稱量1.5g瓊脂糖加80ml純水,煮沸,冷卻到55℃左右(不燙手),加入10ml 10XMOPS和20ml去離子甲醛溶液,室溫放置1小時。
(3)在5V/cm電壓下,預電泳5分鐘,加入樣品和RNA Marker,電泳需要至少4小時,每隔1小時更換1X MOPS電泳緩沖液一次。
(4)將瓊脂糖膠放在保鮮膜內,紫外燈下計算作圖并標記,評估分子量的位置。
(5)在室溫下將凝膠浸入洗滌膠溶液中20分鐘,輕輕搖動。用RNA水解液浸泡凝膠20分鐘,立即轉膜。
(5)轉模:按照下圖制作轉膜系統(tǒng),利用試劑盒提供的轉膜液通過毛細管轉移到膜上,從凝膠吸取RNA到尼龍膜過夜,以確保RNA有效轉移。
轉模圖(略)
(6)轉模后,使用 UV交聯(lián)濕膜,無需清洗。UV交聯(lián)后,用H2O短暫沖洗膜,然后使其風干。或在120°C下烘烤,30分鐘?梢杂脕喖姿{溶液鑒定RNA的豐度。
(7)預雜交和雜交:將印跡膜放在包含20 ml預雜交溶液的雜交袋中,密封袋子,預雜交溫度下預雜交2小時。探針濃度:10–20ng/ml,DIG標記探針,雙鏈DNA探針,在沸水浴中加熱10分鐘使DNA變性,在冰上冷卻。單鏈RNA探針和寡核苷酸探針在稀釋前不需變性。準備至少3.5 ml雜交溶液,以滿足10x10 cm的印跡。用雜交溶液稀釋探針。丟棄袋子內預雜交溶液,添加包含DIG標記探針的雜交溶液。42℃條件下均勻搖動雜交15-18小時。
(8)洗滌:在室溫下,將膜在洗滌液I中洗滌兩次,每次5分鐘,除去未結合的探針。在洗滌液II中清洗膜兩次,每次清洗15分鐘。
(9)雜交后洗滌,將膜在洗滌液I中平衡1分鐘。在封閉溶液中輕輕攪動薄膜30-60分鐘,封閉薄膜。
(10)地高辛二抗孵育:稀釋抗高辛抗體,將3 µl Anti-Digoxigenin-AP添加到30 ml封閉液中并混合。在抗體溶液中將膜孵育30分鐘。棄抗體溶液,在洗滌液I中輕輕洗膜兩次,每次洗滌15分鐘。
(10)曝光檢測信號:棄洗滌液,在NBT/BCIP緩沖液中平衡膜2分鐘。配置NBT/BCIP顯色液,常規(guī)方法顯色,NBT/BCIP一般2分鐘-12小時內。